正置显微镜与倒置显微镜在多个方面存在显著的区别，这些区别主要体现在以下几个方面：

物镜与载物台的相对位置：

正置显微镜的物镜转换盘朝向是向下的，载物台位于物镜的下方。而倒置显微镜的物镜则朝上，载物台位于物镜的上方。这种不同的设计导致了它们在使用方式、光路走向和观察对象上的不同。

观察对象和适用条件：

正置显微镜主要用于观察固体样本，如切片等，适用于材料科学、化学等领域。而倒置显微镜则更适合观察液体或未固定的生物样品，如细胞培养液中的细胞，因此在生物学、医学等领域得到了广泛的应用。倒置显微镜的样品空间较大，使其非常适合观察培养皿或者培养瓶中的细胞样品，这是正置显微镜无法做到的。

工作距离：

由于倒置显微镜主要用于观察切片样品，其物镜工作距离较近。而为了对焦培养皿溶液中的悬浮物，倒置显微镜的物镜工作距离一般会比正置的大。

物镜光学校正：

正置显微镜主要用于观察载玻片上的物体，因此其物镜矫正数值大多固定与标准厚度为 0.17 mm、折射率为 1.515 的盖玻片。而倒置显微镜可以观察不同器皿里的样品，当物镜数值孔径为 0.4 或更小时，这是令人满意的。然而，当使用高数值孔径干物镜（数值孔径为 0.8 或更大）时，仅几微米的器皿厚度变化会由于像差而导致显着的图像质量下降。为了补偿这种误差，校正程度更高的物镜配备了校正环，以便调整中央透镜组的位置，以配合器皿厚度的波动。

自由度：

倒置显微镜的自由度通常大于正置显微镜。由于倒置显微镜的物镜和载物台位置相反，其设计允许更多的空间在载物台上方，这使得在载物台上搭建其他附件（如细胞注射设备、电极等）变得更加容易，提供了更多的实验灵活性和可能性。

成像质量：

正置显微镜由于其结构相对简单，光路较短，通常能够提供更好的成像质量。当然这也取决于具体的显微镜型号和配置。

操作习惯和便捷性：

正置显微镜的设计更符合大多数人的使用习惯，操作更为便捷。由于其结构简单，容易找到关心的区域，使得操作更为顺手。

总结来说，正置显微镜和倒置显微镜在物镜与载物台的相对位置、观察对象和适用条件、工作距离以及物镜光学校正等方面都存在显著的差异。这些差异使得这两种显微镜在科研和医学诊断等领域各自具有独特的优势和应用价值。